Dit spreekwoord is eigenlijk een waarschuwing dat je soms meteen stevig moet ingrijpen om een probleem op te lossen. Ga je te 'zacht' te werk, en neem je bijvoorbeeld halve maatregelen omdat je bang bent dat je anders ruzie krijgt met anderen, dan kan dat ertoe leiden dat de situatie alleen maar erger wordt. Het probleem 'ettert' dan - in het begin misschien ongemerkt - door, totdat blijkt dat het er alleen maar erger op is geworden.

Met de heelmeester in dit spreekwoord wordt een ongediplomeerde arts bedoeld. Tot in de negentiende eeuw waren er naast artsen ook heelmeesters: ze behandelden vooral wonden, breuken en gezwellen. Het Groot Uitdrukkingenwoordenboek van Van Dale (2006) vermeldt dat vanuit de officiële geneeskunst op hen werd neergekeken. Heelmeesters hadden meestal minder kennis dan echte doktoren.

Een wond die niet meteen goed en grondig wordt behandeld, gaat ontsteken en daardoor stinken. De 'zachte' behandeling van de heelmeester is weliswaar op dat moment minder pijnlijk voor de patiënt, maar veroorzaakt later juist méér pijn. Vanuit die gedachte kon het spreekwoord 'Zachte heelmeesters maken stinkende wonden' ontstaan: als de heelmeester de wond niet meteen grondig behandelde (wat kennelijk nogal eens voorkwam), dan maakte hij het er op de lange termijn alleen maar erger op. 

Het Woordenboek der Nederlandsche Taal vermeldt 'Een meedelijdende Chyrurgijn [= 'heelmeester'], maeckt stinckende wonden' als oudste variant van het spreekwoord (uit een spreekwoordenboek uit 1550). En F.A. Stoett citeert Jacob Cats: "Het is van ouden tijt bevonden [= 'het is al heel lang bekend'] / Van sachte meesters vuyle wonden."